Igralca, ki je odraščal v znamenju nasilja, so ljubezenske težave 'pestile' že v najstniškem obdobju. Njegova prva slavna punca je bila igralka Melissa Gilbert, s katero se je zapletel v razmerje, ko je bil star komaj 20 let.
Skupaj sta preživela nekaj mesecev in Melissa še danes pogosto komentira številne govorice o tem, da je Tom v resnici homoseksualec. Pravi, da je prepričana, da te govorice nikakor ne držijo.
Leta 1982, ko se je zabaval z Melisso, so ga mediji povezovali tudi s svetlolaso stanovsko kolegico Heather Locklear, pozneje zvezdnico priljubljene serije Melrose Place. Govori se, da je njuna zveza trajala le nekaj mesecev in da je bila precej burna, Heather pa vse skupaj vztrajno zanika in trdi, da sta bila s Tomom le prijatelja.
Sledila je igralka Rebecca De Mornay, ki ji ga je uspelo 'obdržati' dve leti, a o njunem razmerju ni bilo veliko znanega, ker takrat pravzaprav nikogar nista zanimala. Po nekaterih špekulacijah sta se razšla zaradi njegove afere s pevko in igralko Cher, ki je leta 2008 v intervjuju pojasnila, da je bil Tom v osemdesetih letih povsem drugačen človek in da je zelo zmedena zaradi njegove spremembe.
Po koncu razmerja s Cher, natančneje leta 1985, je posnel fantazijski avanturistični film Legenda, ki je nastal pod režijsko taktirko slovitega Ridleyja Scotta. Čeprav s 170 centimetri višine ni ravno ustrezal predstavi o postavnem hollywoodskem bogu lepote, je postal eden izmed najbolje plačanih in najbolj zaželenih igralcev, tako med filmskimi ustvarjalci kot tudi med predstavnicami nežnejšega spola.
Leta 1987 ga je pred oltar uspelo spraviti šest let starejši igralki Mimi Rogers, ki ga je uvedla tudi v svet scientologije, katere goreči zagovornik je še danes. Po dobrih dveh zakonskih letih z Mimi je decembra 1989 na snemanju akcijske romantične drame Dnevi grmenja spoznal visokoraslo avstralsko igralko Nicole Kidman.
Po snemanju megauspešnice Vanilla Sky se je začela romanca sveže ločenega Toma in španske lepotice Penélope Cruz. Skupaj sta preživela dve leti in pol, in ko so že vsi pričakovali zaroko, sta naznanila, da sta se razšla. Tom je tolažbo našel v britansko-iranski igralki Nazanin Boniadi, s katero je preživel 11 mesecev. Glavno krivko za razpad njunega razmerja so 'dobro obveščeni viri' našli v zapeljivi kolumbijski igralki Sofíi Vergara, ki naj bi mu posteljo grela januarja 2005.
Romantična poroka v Italiji
Aprila 2005 je začel romanco s 16 let mlajšo igralko Katie Holmes, s katero se je že junija zaročil na Eifflovem stolpu, aprila 2006 je luč sveta ugledala njuna hčerkica Suri, novembra 2006 pa je sledila romantična poroka v Italiji.
Družinica Cruise-Holmes je pet let in pol delovala več kot srečno, potem pa je zakonski parček TomKat, kakor so ga krstili mediji, razpadel. 29. junija lani, torej le nekaj dni pred Tomovim 50. rojstnim dnem, smo namreč izvedeli, da je Katie vložila zahtevo za ločitev.
Po ločitvi so ga mediji povezovali s številnimi damami, med drugim tudi s 23 let mlajšo ameriško igralko Yolando Pecoraro in Cynthio Jorge, novinarko, ki spremlja življenja znanih osebnosti. Toda filmski lepotec vseh teh špekulacij ni komentiral, ampak je - kar se tiče njegove nove izbranke - javnost raje pustil v negotovosti.